A canoagem foi uma das modalidades pioneiras na altura da criação da Associação Naval do Guadiana.

O clube conquistou vários títulos regionais e nacionais e foi fundador da associação regional da modalidade.

No regresso à modalidade, foi feita a aquisição de cerca de três dezenas de embarcações para ser utilizadas nos projetos de escolas e férias desportivas que o clube realiza em colaboração com várias entidades.

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